核酸数据库

OMIM

人类遗传病数据库

Ensemble

基因组数据库

JCVI

微生物基因组数据库

Gene Ontology

GO(生物本体)数据库,提供功能、过程等的标准表述

DDBJ

日本国家遗传学研究所下属,三大核酸数据库之一

EMBL-EBI

欧洲分子生物学实验室,三大核酸数据库之一

GenBank

NCBI旗下。美国国立生物技术信息中心, 包含多种数据库和工具


通路数据库

Reactome

唯一由人工整理的通路数据库,三大通路数据库之一

SMPDB

交互式的可视化数据资源库,含众多独有通路

PathwayCommons

整合KEGG、Reactome等,含通路和互作分析

KEGG

京都基因与基因组百科全书,知名度最高的通路数据库

String

包含通路模型,预测蛋白间相互关系


酶数据库

UbiBrowser

蛋白泛素位点数据库,涉及底物蛋白和E3泛素连接酶


蛋白数据库

The Human Protein Atlas

人类蛋白数据库,轻松查找蛋白在细胞的分布位置


动物数据库

中国动物主题数据库

中科院下属。含多个动物数据库


植物数据库

中国植物图像库

中科院下属,产品包含花伴侣软件

自然标本馆

中科院植物所下属,含多个图库

中国植物主题数据库

中科院下属,含多个植物数据库


英文文献数据库

GoOA

中科院整合的高质量的开源期刊数据库

百链云图书馆

超星旗下。校内ip认证后,可以在校外使用

Sci-Hub

Sci-Hub本体,万能免费下英文文献,需要doi号或者PMID号

Sci-Hub Desktop

无权限时下载英文文献的不二选择

Plos

美国科学公共图书馆,提供文献的免费查询和下载

Bioone

整合了全球的非盈利组织的出版物,北大发起的免费数据库

Open Access Library

Oalib(开放存取图书馆),免费的中英文文献数据库

Doi

通过doi号确定文献的官方地址

Springer

大名鼎鼎的斯普林格出版社,众多生物类期刊,需权限

Science Direct

elsevier出版社旗下的自然科学类期刊数据库,需要权限

Jstor

老牌出版商,简单注册后即可下载全文

PMC-PubMed

NCBI下属的摘要数据库集,同时提供众多免费源全文下载


中文文献数据库

百链云图书馆

超星旗下。校内ip认证后,可以在校外使用

Bioone

整合了全球的非盈利组织的出版物,北大发起的免费数据库

Open Access Library

Oalib(开放存取图书馆),免费的中英文文献数据库

科学文库

包含众多高清书籍,需要权限

中国图书馆联盟

提供文献、专著等的查询、借阅和传递。使用需要权限

维普

中国三大数据库之一,下载需要权限

万方数据库

中国三大文献数据库之一,有一部分独家收录,下载需权限

中国知网

中国最大的文献数据库,下载需权限


英文新闻

冷泉港(亚洲)

冷泉港亚洲提供很多会议的相关信息

National Geographic

美国国家地理,美图美不胜数

Nature

自然科学的前沿阵地,兼顾学术与兴趣

Science

全世界最权威的学术期刊之一,内容涉及众多专业


中文新闻


编程相关

miniConda

软件包管理

Visual Studio Code

好用的通用型代码编辑器。开源免费。

BioPython

Python的生物信息学包。

Bioconductor

R语言的生物信息学分析的集合包

Bioperl

perl语言的包,有很多与生物信息学相关的模块

Perl

开源编程软件,文本处理能力尤其强大

Pycharm

好用的Python集成开发环境,社区版是免费的

Python

功能强大的开源编程软件,与R在数据分析中相辅相成

RStudio

一款非常好用的R语言集成开发软件

R

开源编程语言,擅长统计分析及作图


比对注释

MEME

寻找序列基序,及保守区域

meme-suite

强大的在线序列比对工具集

T-Coffee

在线多序列比对工具,有多家机构采用

中药材DNA条形码鉴定系统

网站不稳定,多刷新。需要核糖体的ITS2基因序列

TexShade

专门用于渲染序列比对结果的基于Tex的扩展包,安装与学习较复杂

mafft

速度与准确性最高的比对软件,安装和使用不如clustal简便

Clustal

小巧而经典的序列比对工具,提供在线版和本地版工具

Blast

NCBI旗下的一系列不同水平的在线比对软件合集

KAAS

KEEG提供的官方通路注释在线工具

David

Go、KEEG在线分析工具,引用较多

Gene Set Analysis

GSA是一个在线的GO、KEGG分析工具


序列着色修饰

BoxShade

功能强大的在线序列展示工具

jalview

界面漂亮,可着色、修剪,功能强大

DNA logo

VB.net编写的绿色小软件,用于绘制sequence logo图

Weblogo3

用于制作sequence logo图的在线小程序


蛋白3d建模

SuperPose

蛋白质叠合软件,用于三级结构比对

SAVES

预测构建模型的评估,至少有3个评估方法认为模型可靠才行

ROBETTA

综合法建模,根据不同片段采取不同方法

QUARK

从头计算法,最后提供自由能最低的一种模型

DSSP

已知蛋白质二级结构定义词典

PSIPRED

未知氨基酸预测其二级序列

I-Tasser

穿线法,匹配每个结构,提供能量最低的结构

Jmol

非常快速简洁的开源软件,可用于初步分析

UCSF Chimera

比较快捷的建模软件,开源,由RBVI策划

VMD

相较Pymol简洁,开源软件。排名前三的建模软件

PyMOL

python编写的pdb渲染软件,高分作图必备,商业半开源软件

translation

将核酸转换为氨基酸序列的在线工具,哥伦比亚大学下属

Swiss-PdbViewer

对pdb文件进行渲染加工的免费软件

Swiss-Model

用同源建模法预测蛋白质三级结构的全自动在线软件,生成pdb格式的建模文件


序列编辑

jalview

界面漂亮,可着色、修剪,功能强大

Bioedit

便捷的序列编辑软件,近几年没有更新

Genedoc

无官网的序列编辑软件,可能已经停更很久了


引物设计

GETprime

按物种设计引物,相当于设计+特异性检验

qPrimerDB

引物数据库,可以按物种+基因名搜索验证过的引物

Primer designing tool

NCBI旗下,集引物设计和特异性检验于一体的在线工具

Primer Premier

久负盛名的引物设计软件,商业软件

Oligo

专业的引物设计软件,商业软件


文献管理及分析

Altmetric

关注英文文献等的社会关注度

ReadCube

免费版体验都极佳,但推荐用Zotero

Zotero

开源、免费的文献管理软件,扩展性极好


图像处理

ImageJ

基于Java,可进行面积统计等


教程制作

ScreenToGif

开源,且有绿色版本。可录制gif及视频

OBS Studio

开源好用的屏幕视频录制软件


编程学习

R graph gallery

R语言画廊,提供了各种包可以做的图及代码


基金查询

MedSci基金比对

最多比对5个关键词自然科学基金比较

MedSci基金查询

通过关键词查询自然科学基金

LetPub基金查询

用项目号及项目类别查看申请人和学科分类


项目托管

GitHub

用户最为广泛的项目托管站


博客

余光创博客

R语言牛人,做了多个生信包

生信杂谈

来自简书的公众号,涉及分析和编程

Plob

生物信息学领域的博客资料站


英文期刊

Cancer Gene Therapy

肿瘤、遗传等。nature子刊。难+慢。Sci月刊。IF:4.044

Methods

侧重于实验生物学和医学科学。半月刊。Sci。IF:3.998

Journal of Proteome Research

代谢组学(蛋白)。审稿认真较慢。双月刊。SCI。IF:3.95

International Journal of Molecular Sciences

分子、生化、细胞。审稿又快又好。月刊。SciE。IF:3.687

Human Mutation

遗传学,需临床数据。月刊。审稿严格。Sci。IF:5.359

Annals of Surgical Oncology

肿瘤学,外科学。月刊。Sci。IF:3.857

Journal of Translational Medicine

医学。BMC旗下,出刊不规律。SCIE。IF:4.197

Database (OXFORD)

关注生物信息学数据库。月刊。SciE。IF:3.978

Clinical Epigenetics

临床遗传学。BMC旗下,出刊不规律。SCIE。IF:6.091

Gynecologic Oncology

妇科肿瘤学。月刊。Sci。IF:4.54

International Journal of Oncology

spandidos旗下。月刊。Sci。IF:3.333

PLOS Computational Biology

计算生物学,偏理论。月刊。SciE。IF:3.955

BMC Cancer

癌症及其他。BMC旗下。出刊周期不规律。SciE。IF:3.288

BMC Genomics

基因组学。出刊周期不规律。SCIE。IF:3.73

Reproductive Sciences

月刊。SCI。IF:2.548

Journal of Ovarian Research

卵巢、肿瘤、病变。出刊周期不规律。SCIE。IF:2.367

Diagnostic Pathology

肿瘤学专刊。BMC旗下,出刊不规律。SciE。IF:2.396

Archives of Gynecology and Obstetrics

妇产科相关。双月刊。SciE。IF:2.236

Medical Oncology

肿瘤学,血液学。月刊。SCIE。IF:2.92

Cancer Cell International

BMC旗下,出刊不规律。SCIE。IF:3.96

Cancer Biomarkers

需与癌症相关。双月刊。SCIE。IF:2.392

American Journal of Translational Research

心血管,肿瘤。月刊。SCIE。IF:3.061

PeerJ

生命科学及医学。开源。出版周期不规律。SCIE。IF:2.759

Molecular Omics

生物信息学及组学。月刊。SCI。IF:2.759

小贴士2

挂这个图标的都是BMC的,版面费均在1-2万。

小贴士

挂这个图标的都是Spadidos家的,他家3分以下的最好都不要投。

International Journal of Molecular Medicine

月刊。SCI。IF:2.784

BMC Medical Genomics

基因组学。版面费贵。出版周期不规律。SCIE。IF:3.317

BMC Systems Biology

分子、细胞等水平。版面费贵。周期不规律。SCI。IF:2.05

Oncology Reports

肿瘤学。月刊。SCI。IF:2.976

Gene

涉及基因的方方面面。周刊。SCI。IF:2.498

PLos One

国人发表略多。出版周期不规律。SCIE。IF:2.766

Medicine

开源。水刊慎投。医学周刊。SCI。IF:2.028

Oncology Letters

月刊。SCIE。评价差,审稿慢,水刊慎投。

Molecular medicine reports

SCIE,水刊慎投。

International Journal of Clinic and Experimental Medicine

SCIE,处于被踢出SCI的边缘。审稿也极度缓慢。水刊慎投。

European Journal of Medical Research

偏重临床医学。月刊。SCIE。

Computational Biology and Chemistry

生命科学及化学与计算机的结合。双月刊。SCIE。IF:1.412

BioData Mining

偏数学与计算生物学,出版不规律,冷门。SCIE。IF:1.857

TUMORI J

肿瘤学相关。双月刊。SCI。IF:1.304

World Journal of Surgical Oncology

肿瘤外科。出版周期不规律。SCIE。IF:1.792

Pathology & Oncology Research

病理学、肿瘤学。季刊。SCIE。IF:1.935

Pathology Research and Practice

医学、病理学的月刊。SCI。IF:1.466

Molecular Biology Reports

分子和细胞生物学的方方面面的双月刊。SCI。IF:1.889

Experimental and Therapeutic Medicine

偏医学类的月刊。SCIE。IF:1.41

BMC Bioinformatics

生物信息学专刊,出刊周期不规律,SCIE。IF:2.213

Bioinformatics

生物信息学的专刊,半月刊。行业牛刊。IF:5.481


中文期刊


工具站

Justscience

中英文期刊被收录情况及IF值。上海唯问生物的免费产品,推荐使用。

GreenSci

免费查询IF的网站,支持关键词和ISSN号

MedSCI梅斯

提供期刊主页、投稿页面、IF等

Journal Citation Reports

JCR用于查询期刊的IF值,需要机构权限

Clarivate Analytics

通过关键词或E-ISSN号查看期刊是否被SCI、SCIE收录